Testovací kód
Pred začatím s R Markdown sa uistite, že máte R namontované vo svojom systéme. Spolu s tým by malo byť momentálne spustené aj RStudio. Najprv vytvoríme skript pre súbor údajov, ktorý používame v súbore R Markdown.
Knižnicu „datasetov“ importujeme z R v oblasti zdrojového kódu. Vstavané množiny údajov je možné získať pomocou tejto knižnice. Súbor údajov s názvom „AirPassengers“ sa teda získava pomocou funkcie „údaje“ a sumarizuje sa pomocou funkcie „súhrn“.
Nakoniec sa na tento súbor údajov použije funkcia plot(), aby sa získal graf/graf zobrazenia konkrétneho súboru údajov. Po spustení tohto kódu získame súhrn tohto súboru údajov, ktorý sa zobrazí na konzole.
knižnica ( množiny údajov )
údajov ( 'Letecký pasažier' )
zhrnutie ( AirPassengers )
zápletka ( AirPassengers )
V pravej časti RStudia môžete vidieť aj graf pre množinu údajov AirPassengers. Teraz používame tento kód v našom dokumente R Markdown.
Začíname s R MarkDown v RStudio
Ak chcete spustiť súbor R Markdown, musíte použiť ponuku „Súbor“ v ľavom hornom okne programu RStudio. Klepnite naň a rozbaľte dostupnú možnosť „Nový súbor“. V rámci možnosti „Nový súbor“ nájdete uvedenú možnosť „R Markdown“. Klepnutím naň ho vytvoríte.
Na obrazovke RStudio sa zobrazí nové okno „New R Markdown“. Keďže chceme vytvoriť dokument R Markdown, musíme v ľavom paneli vybrať „Dokument“. Teraz môžete svoj dokument pomenovať pomocou poľa „Názov“; nazvali sme to „Test“.
Môžete tiež uviesť svoje meno ako autora tohto dokumentu, t. j. „Ján“. V poslednom poli musíte zadať dátum, kedy ste vytvorili doklad R Markdown. Môžete tiež použiť začiarkavacie políčko na vykreslenie dátumu dokumentu pri každej aktualizácii.
Teraz musíte vybrať predvolený výstupný formát súboru, tj html, pdf alebo Word. V našom prípade vyberieme „HTML“ ako predvolený výstupný formát súboru. Klepnutím na tlačidlo „OK“ pokračujte vo vytváraní vzorového súboru R Markdown. Na vytvorenie prázdneho súboru Markdown môžete použiť aj tlačidlo „Vytvoriť prázdny dokument“.
Prepnite do vizuálneho režimu pre úpravy
Vzorový súbor R Markdown sa otvorí v oblasti Zdroj RStudio. Teraz môžete tento vzorový súbor Markdown upraviť podľa svojich potrieb. Tento vzorový súbor Markdown je rozdelený na tri časti. Časť, ktorá začína a končí „-“ sa nazýva „Hlavička“ súboru Markdown. Obsahuje informácie, ktoré ste poskytli, keď ste začali vytvárať vzorový súbor značiek, t. j. názov, autora, dátum a výstupný formát.
Časť „## R Markdown“ vrátane textových riadkov je „textový“ blok tohto súboru markdown. Môžete ho tiež aktualizovať a umiestniť naň svoj text. „## R Markdown“ je nadpis, ktorý možno tiež aktualizovať. Ďalšia časť začínajúca tromi symbolmi „`“ označuje časť „Code Chunk“, ktorá je špecifická na pridávanie útržkov kódu. Kódovaciu časť môže sprevádzať aj časť „grafy“, ktorá je špecifická pre generovanie grafov pomocou kódov.
Prepneme sa do režimu „Visual“ súboru R Markdown pomocou tlačidla „Visual“ na paneli úloh otvoreného okna RStudio. Novootvorené okno vám poskytuje niekoľko pokynov na pohyb vo vizuálnom režime. Klepnutím na tlačidlo „Použiť vizuálny režim“ otvoríte vizuálny režim.
Upravte vzorový súbor
Teraz sa spustí „vizuálny“ režim úprav pre vzorový súbor R Markdown. Celý súbor môžete formátovať, vkladať a upravovať pomocou ponúk na paneli úloh. Napríklad sme neaktualizovali časť Header, ale nahradili sme nadpisy Header pre bloky „Text“ a „Plots“. Nahraďte vzorový text novým textom a zadajte nový kód do oblasti kódu. Tiež sme bokom aktualizovali blok „Plot“ tohto súboru.
Uložte súbor
Teraz použite tlačidlo „Knit“, ktoré sa nachádza na paneli úloh RStudio, na vygenerovanie dokumentu.
Teraz vás RStudio požiada o umiestnenie a názov nového súboru Markdown, ktorý sa chystáte uložiť. Typ súboru R Markdown je štandardne „.Rmd“. Pomenujeme ho „test“ podľa nasledujúceho obrázka a uložíme ho na jednotku „D“ pomocou tlačidla „Uložiť“:
Po uložení vášho novovygenerovaného súboru R Markdown sa môže RStudio zapojiť do malého spracovania na zobrazenie dokumentu. Predtým vás môže požiadať o začatie novej relácie otvorením nasledujúceho okna. Pokračujte klepnutím na „Začať novú reláciu“:
Skontrolujte dokument Markdown
Po chvíli RStudio spustí svoju novú reláciu spolu s otvorením novo vytvoreného dokumentu R Markdown v samostatnom okne cez RStudio. Súbor obsahuje blok „Header“ s názvom súboru ako „Test“, za ktorým nasleduje meno autora a dátum vytvorenia. Kód a blok grafu zobrazujú 100 percent rovnaký výstup, aký je zobrazený vo výstupe kódu „Test“.
Záver
Táto príručka poskytuje najlepšiu ukážku použitia jazyka R na vytvorenie dokumentu prostredníctvom R Markdown. Počnúc nastavením dokumentu sme vysvetlili, ako upraviť, uložiť a otvoriť novo vygenerovaný súbor R Markdown a pozrieť sa na jeho blok hlavičky, textový blok, blok bloku kódu a blok grafu.